Nach zwei Jahren im Raiffeisensektor war Markus Fröhlich 16 Jahre lang für die Sparkasse der Stadt Knittelfeld AG tätig.
Er leitete die Wertpapierabteilung und baute ab 1996 eine eigene Abteilung Treasury auf, die er bis zu seiner Bestellung in den Vorstand des Unternehmens im Jahre 2002 leitete. In dieser Funktion war er unter anderem für das Portfoliomanagement des Wertpapiereigenbestandes der Bank und für volkswirtschaftliche Prognosen zuständig.
Von 2002 bis 2006 war Markus Fröhlich Mitglied des Vorstandes der Sparkasse der Stadt Knittelfeld AG und in dieser Funktion für die Geschäftsbereiche Wertpapier, Treasury, Rechnungswesen, Controlling, Unternehmensorganisation und Risikomanagement verantwortlich.
Von 1998 bis 2003 war Markus Fröhlich zusätzlich Geschäftsführer der S-Vermögensverwaltung Knittelfeld GmbH, einer Hundert Prozent Tochtergesellschaft der Sparkasse der Stadt Knittelfeld AG.